På New York kollapsede reel trussel i form af en kraftig shredder. Han vil forsøge at tage i byen på få minutter, men du er nødt til at stoppe ham sammen med mutant ninja skildpadder. Disse modige fyre er klar til eventuelle problemer med at redde sin hjemby fra vanvid. Hver af figurerne vil have deres egen mission og formål, nogen har til at forberede en potion til at ødelægge mutant nogen til at nedskyde missiler, og nogen at besejre fjenden i nærkamp. Alle skildpadder bliver kun tre forsøg, hvis du taber, vil byen falde.