Den modige Ninja Kyoto skal komme ind i det beskyttede slot og stjæle derfra en artefakt, der på en gang stjal deres tempel af sin ordre. Du i spillet Jump Ninja Hero vil slutte sig til hans eventyr. For at komme til slottet skal vores helt løbe gennem et bestemt område, som bevogtes af fjendens soldater. Ved vores helt vil hele tiden blive brændt fra bue, crossbows og andre våben. Du kører vores helt bliver nødt til at undvige alle flyvende genstande i den. Kun på denne måde kan han overleve og nå endepunktet af sin rejse.