Den sidste gang Indiana Jones udforskede Farao Tuttankhamuns grav, fandt han en glødende guldkontakt i en af kuplene og besluttede at tilpasse sig selv. Det skal dog ikke være med de artefakter, der beskytter de usynlige monstre. Fra jorden steg Agni's ånd og forsøgte at forsinke Indiens handlinger. At han ikke kunne dræbe din karakter, du skal hjælpe ham med at flygte. Undergrunds tunnel Tomb Run, men fri for monstre, men stadig et vanskeligt sted på grund af tilstedeværelsen af alle mulige forhindringer på vejen. Kør sammen med Indy i retning af hulen, løber rundt hver gang barrierer og sten søjler.