En morgen så indbyggerne i byen Metropolis, hvordan et stort antal rumskibe stammer fra himlen, hvorfra der opstod nykommere. De åbnede straks ild på civile og begyndte at jage efter dem. Den modige helt, der altid har forsvaret byen, må igen kæmpe. Vi er i spillet Superman: Theme er Aliens vil hjælpe Superman til at forsvare deres by og ødelægge modstandere. Vores helt skal styres af radaren, som vil fortælle ham, hvor de fremmede soldater er. Herefter skal du kæmpe mod dem, du skal angribe fjenden. Du kan dræbe dem med slag eller bruge superhæren i din helt.