For den modige og behændige ninja er nogle af de vanskeligste forhindringer kun en mulighed for at blive endnu stærkere og mere dygtige. Men i Flip Ninja fandt helten sig i en mystisk labyrint, hvor det ville tage mere end styrken og evnen til perfekt at styre hans krop. Der er mere vigtig logik og opfindsomhed, og du kan dele dine evner med helten. Kombinationen af dine evner og karakter er nøglen til succes i udførelsen af niveauopgaver. Du skal gå gennem labyrinten og samle røde mærker. Ninja overvinde vejen med hjælp fra sommersult. Men samtidig ser han ikke enden af vejen, og kun en barriere kan stoppe ham.