Ben 10 er ikke fremmed for ankomsten af u200bu200bendnu et parti udlændinge, der ønsker at baktale jordboere. Men denne gang i Ben 10 Omnitrix Shadow blev tingene meget mere alvorlige. Aliens blev ledet af en ridder i sort rustning, han lancerede en strøm af energi ind i Ben, inficerede fyren med mørk energi. Derefter forlod de indtrængende hurtigt. En mørk virus har fundet sig i helten, som over tid vil gøre ham til et ondt monster, ligesom alle dem, der er i omnitrixen. For at løse situationen og slippe af med virussen skal du finde de tre skurker og ødelægge dem. Hjælp karakteren med at blive sig selv igen og forhindre transformationen.