Den modige ninja modtog en ordre fra skibsføreren om sin ordre om at gå til statsgrænsen og spejde situationen nær en af u200bu200bbyerne. Ifølge rygterne var der monstre. Du i Ninja-spillet bliver nødt til at hjælpe din karakter med at gøre denne intelligens. Din helt vil køre langs vejen langs en bestemt rute. Ofte kommer hindringer, jordfejl og forskellige slags fælder over hans vej. Når din karakter nærmer sig dem, skal du klikke på skærmen med musen. Så vil din helt springe og flyve over disse farlige områder. Du bliver også nødt til at samle forskellige perler spredt overalt.