Det gamle Japan, der var specielle templer, hvor de forberedte krig som ninja. Du i spillet Ninja Runs 3d går til en af u200bu200bdem og hjælper en ninja med at gennemgå forskellige former for træning. I dag bliver din helt nødt til at løbe langs en specielt konstrueret forhindringsbane sammen med andre ninjaer og komme først til målstregen. Du vil styre hans handlinger. Du skal hoppe over mange forhindringer, klatre på forskellige forhindringer og udføre mange flere handlinger, der vil hjælpe din ninja med at vinde konkurrencen.