En gade-mobbe Jack gik ind på togstationen og begyndte at male væggene ved hjælp af spraydåser. Under denne besættelse blev han fanget af en politimand. Nu skal du i spillet Railway Runner 3d hjælpe mobberen med at flygte fra politimanden. Hvis han ikke kan gøre dette, sættes Jack i fængsel. Din karakter, der gradvist vinder hastighed, skynder sig frem ad en bestemt rute. På banen til hans løb vil støde på en række hindringer. Du bliver nødt til at få din helt til at hoppe over nogle forhindringer. Andre tværtimod bliver drengen nødt til at løbe rundt.