Alle har deres egen drøm, og helten i spillet My Rusty Submarine har længe ønsket at tage på en tur i sin egen ubåd. For nylig, i anledning af det, formåede han at erhverve en gammel nedlagt ubåd fra Anden Verdenskrig. Han inviterede en ven med sig, som vi også ønsker dig, og satte af sted. Men båden er meget gammel, dens liv er længe afsluttet, og alle dens mekanismer vil gradvis blive udsat den ene efter den anden. Du og din ven har til opgave at hurtigt reagere på en anden fejl og rette den. Først da vil båden flytte og levere til de mest fjerntliggende og uudforskede steder.