En lille sjov væsen ved navn Jojo bor i skoven. En dag hørte vores helt, at der på fjerntliggende steder om natten vises guldmønter. Vores karakter besluttede at gå til disse steder og samle dem alle. Du i spillet Jojo Run vil hjælpe ham med dette. Din karakter løber langs stien med alle hans ben. Undervejs vil han støde på jordfejl, fælder og forskellige skabninger, der er i stand til at dræbe ham. Når du nærmer os alle disse farer, bliver du nødt til at få helten til at hoppe og flyve gennem det hele gennem luften. På vejen bliver du nødt til at samle alle disse mønter.