Den modige ridder Thomas går i dag til kongedømmets fjerntliggende områder for at rydde forskellige slags fangehuller fra monstre. Du i spillet Hexa Dungeon hjælper ham i dette eventyr. En fangehulshal vises på skærmen foran dig, hvor din helt og hans modstander vil være. Nederst på spillefeltet findes ikoner i forskellige farver. Hvert ikon er ansvarlig for en bestemt handling af ridderen. Hvis du f.eks. Vil udføre et kraftigt angreb på fjenden, skal du kigge efter de tilsvarende farveikoner, der står ved siden af. Ved at forbinde dem med en linje, vil du tvinge din helt til at angribe og skade fjenden.