Svampedømmet synes ikke at være så stort, og ikke desto mindre har der samlet sig så meget affald i det, at det ikke længere passer på en specielt udpeget losseplads. Kongen besluttede at kaste alt i havet, men Mario er helt imod det. I Super Mario Transporter agter han personligt at fjerne alt affald væk fra sit hjemsted, hvor det vil blive ødelagt eller genanvendt. Til dette forberedte helten flere typer lasttankskibe og andre skibe. Men nogen skal hjælpe helten med at åbne afløbsventilerne. Affald kan ikke forveksles, det har forskellige farver, og det skal matche beholderens farve. Hvor vil du hælde dem. Åbn klapperne, og bland ikke væsker i Super Mario Transporter.