Så snart der dukker uønskede personligheder op i vores virtuelle by, som skader byen og dens indbyggere, begynder byfolkene at vælge en helt, der kunne modstå skurkene. Denne gang dukkede monstre fra Monsterforeningen, som blev skabt på trods af Helteforeningen, op på byens gader. Kun Saitama eller Bald Cloak, alias One Punch Man eller One Punch Man, kan håndtere dem. Men du skal hjælpe ham i One Punch Man 3D Game, for der vil være mange fjender, og først skal du finde dem i en storby. Øverst til højre finder du en navigator med røde prikker på – det er heltens mål i One Punch Man 3D Game.