Det ser ud til, at for Batman skulle flagermus være blevet venner eller i det mindste hjælpere, men det vil ikke være tilfældet i Batman cool. Musene, der vil angribe helten, blev udsat for skadelig stråling, som korrigerede deres små hjerner og gjorde venner til svorne fjender. Superhelten forsøgte at reparere musene, men det lykkedes ikke. Han installerede en speciel krystal, der udsendte bølger, men de virkede ikke. Og hvis det er tilfældet, kan den samme krystal ødelægge forbitrede gnavere. Din opgave i Batman cool er at rette skud mod mål og ødelægge mus på vejen.