Du har sikkert hørt om den spøgelsesagtige minearbejder, som kaldes Herobrine, men han er ikke en af dem, der skurker i Minecrafts åbne rum. Andre såkaldte 303-enheder er også set. Dette er et helt team af hackere, der sætter sig for at ødelægge Minecraft. I spilrummene ligner de grå væsner med sorte ansigter og røde øjne. Herobrine var imod dem, da det slet ikke er rentabelt for ham at ødelægge verden, hvor han bor, men i spillet Entity 303 vs Herobrine forenede begge monstre sig af en eller anden grund og vores helte: Steve og Alex bliver nødt til at konfrontere dem. I vil hjælpe heltene, og hvis I har en partner, vil I sammen hurtigt overvinde alle niveauer og eliminere monstre i Entity 303 vs Herobrine.