I undervandsriget dukkede flerfarvede bolde op, som blev sendt af en ond heks. Disse bolde er forbandede og udgør en fare for indbyggerne i den undersøiske verden. Du i spillet Cute Bubble Shooter bliver nødt til at ødelægge dem alle. Du vil have en speciel kanon til din rådighed, som vil skyde enkelte bolde i forskellige farver. Du skal nøje undersøge alt. Så snart kernen dukker op i din kanon, bliver du nødt til at finde en klynge af præcis samme farvekugler. Affyr et skud, når du er klar. Din ladning vil falde ind i en klynge af præcis samme farvekugler og ødelægge dem. For dette får du point i spillet Cute Bubble Shooter.