Mystiske undersøgelser fører uvægerligt til sammenstød med overjordiske kræfter, og oftest er disse onde spøgelser. Shaggy og Scooby var aldrig kendt for deres mod og foretrak oftest at flygte, når de fornemmede fare. Denne gang i spillet Scooby Shaggy Run har vennerne ikke ændret deres vane. Parret vil skynde sig gennem slottets haller, forfulgt af et stort grønt spøgelse. Slottet er gammelt, forskellige genstande ligger på gulvet, gennem hvilke du skal have tid til at hoppe over, ellers vil spøgelset indhente det, det træder allerede bogstaveligt talt i hælene på heltene. Vær opmærksom og reager hurtigt på den næste forhindring for at give kommandoen til at hoppe ind i Scooby Shaggy Run.