Piratlivet er ikke let, du skal kunne stå op for dig selv, for selv blandt piratbrødrene er der ofte demonteringer og de svage overlever ikke der. I Pirates of Fukushu vælger du først en pirat og hjælper ham derefter med at håndtere sine fjender. Helten og hans hold fortøjede til kysten af en af øerne for at etablere deres base der. De forventede, at øen ville være ubeboet, men det viste sig, at den allerede var besat af andre sørøvere, og de havde ikke til hensigt at afstå territoriet. Pirater ved ikke, hvordan de skal forhandle. Derfor vil der være en kamp, og du vil hjælpe din karakter med at bekæmpe mængden af fjender i Pirates of Fukushu.