Rotter lever i mørke, fugtige fangehuller og volder mange problemer for mennesker, men på det seneste har selv almindelige rotter haft det svært, fordi mutante rotter er dukket op. Det er med dem, at helten i spillet Last Rat, som du vil kontrollere, skal mødes. I løbet af spillet bliver du også nødt til at blive en rotte og kæmpe for din eksistens. I kloakkernes labyrinter dukker der uhyggelige enorme rotter op, som angriber og spiser almindelige rotter. At møde disse monstre lover ikke godt, men din helt tager en risiko og skal vinde. Indsatsen er høj, og belønningen er stor - tonsvis af frisk, smagfuld ost, som du samler på vejen til Last Rat.