Folk bliver syge, og der er ingen flugt fra det, så farmakologer arbejder utrætteligt, og læger propper patienter med piller. I spillet Pill Puzzler vil du også deltage i denne kontinuerlige proces, og først skal du forberede piller, så du har noget at give patienterne. Gå ind i laboratoriet, og flerfarvede tabletter vises på bakken. Du skal fordele dem i kasser i et minimum antal bevægelser og derefter tage på hospitalet for at modtage patienter. Giv alle, hvad de får ordineret, og hurtigt, de vil ikke vente. Ved at bruge overskuddet kan du udstyre et lægekontor i Pill Puzzler.