Flerfarvede bobler vil pustes op og rejse sig efter din kommando i Bubble Merge. Kollisionen af to identiske bobler vil resultere i en fusion til en større boble af en anden farve. Således vil sættet af boblebolde på banen konstant ændre sig. Hvis feltet er helt fyldt, slutter spillet, men du kan forsinke dette øjeblik ved at tvinge boldene til at kombineres oftere. Med hver forbindelse vil du modtage et vist antal point. Det samlede beløb vil blive angivet i øverste højre hjørne. Tilførslen af den næste bold er angivet øverst, du ved på forhånd hvilken bold der vises næste gang i Bubble Merge, dette vil gøre planlægningen nemmere.