Med robotternes dominans er der opstået forskellige problemer. For nylig har robotter af forskellige typer været modtagelige for en slags virus, som forvandlede dem til ukontrollerbare Neon-spøgelser. Forskellen fra en normal robot er en knap mærkbar glød omkring botens krop, hvorfor navnet er neonspøgelser og naturligvis dens aggressive adfærd. Sådan en robot kan ikke behandles, den skal simpelthen destrueres. Dette er dog ikke så enkelt, så specielle cyberpunk-lejesoldater dukkede op og påtog sig jobbet. Du vil kontrollere en af dem og hjælpe dig med at fuldføre quests og ødelægge spøgelser én efter én i Neon Ghost.