Helten i spillet Final Ninja betragter sig selv som den sidste ninja af sin slags. Den fjendtlige klan formåede at udrydde alle heltens slægtninge, men han vil ikke give op. Selvom han skal dø, har han tænkt sig at tage alle sine fjender med sig. I mellemtiden skal du finde fjendernes hule, og for at gøre dette bliver du nødt til at overvinde mange forhindringer. Brug pilene til at flytte, og ved at klikke på museknappen, smid shurikens ud. Hvis du holder tasten nede, mens du kaster, kan du gribe fat i og trække dig op til højere platforme, som du ikke kan hoppe til i Final Ninja.