Den muntre blikkenslager Mario befandt sig igen i en parallelverden. Vores helt skal finde et portalhjem, og du vil hjælpe ham i dette spil i Super Chafa Mario Run. Din helt bliver nødt til at løbe gennem mange steder og udforske dem. På dens vej vil der være huller i jorden og forskellige slags forhindringer. Når din karakter er i en vis afstand fra et farligt sted, bliver du nødt til at få ham til at hoppe og flyve over faren gennem luften. Der er aggressive væsner i denne verden. Du skal undgå at møde dem. Hvis din helt rører ved mindst én af dem, vil han dø. Hjælp Mario på vejen med at samle guldmønter og andre nyttige genstande spredt over det hele.