I oldtiden i tjeneste af kejserne i Japan var ninjaens orden. Disse mystiske krige besidder de bedste intelligensevner på det tidspunkt, og de var alle kampkunstnere. I dag, i spillet Ninja Run, vil vi hjælpe dig med en sådan krig for at infiltrere fjendens territorium. Vores helt vil løbe langs vejen, som er fyldt med forskellige fælder og andre farer. Du kan de fleste af dem hoppe over med fart og løbe videre. Hvis du møder fjendens soldater, så prøv at ødelægge dem. Også på vejen indsamle forskellige ting liggende på jorden. De vil give dig point og andre gode bonusser.