I anden del af Ninja Hands 2-spillet vil du fortsætte med at hjælpe din ninja-krig med at kæmpe mod forskellige modstandere, der vil dræbe ham. Din fighter vil være synlig på skærmen foran dig, som vil være på et bestemt sted. Fjenden vil være på afstand fra ham. I nederste højre hjørne vil der være et særligt panel med ikoner. Ved at klikke på dem kan du tvinge helten til at udføre bestemte handlinger. Du bliver nødt til at angribe din modstander og bruge dine kampfærdigheder til at ødelægge fjenden. For dette får du point i spillet Ninja Hands 2.