En ninja bruger flere timer hver dag til træning, og det er nødvendigt for ikke at miste formen og ikke tabe ansigt på et kritisk tidspunkt. Spillets helt Jungle Runner er en dygtig og erfaren kriger, men hans træning tilfredsstiller ham ikke længere, det kommer for let til ham, hvilket betyder, at han ikke udvikler sig. Derfor besluttede helten at gå ind i junglen og lave et lodret løb gennem træerne. Helten vil skynde sig opad med forbløffende hastighed, og din opgave er at sikre, at han ikke kolliderer med noget eller nogen. Det viser sig, at vores ninja ikke er alene i junglen, derudover vil mutante bier i Jungle Runner forsøge at stoppe ham.