I ly af mørket går en modig ninja på jagt, og du skal hjælpe ham med at klare sit job i Night Ninja. Og det består i at rydde territoriet for banditter, der også betragter sig selv som ninjaer og derved nedgør ædle krigere. Røvere fisker om natten, så vores helt er også tvunget til at handle om natten. I øverste højre hjørne vil du se opgaven for hvert niveau. Det ligger i antallet af ødelagte fjender. For at eliminere skal du bruge en shuriken, kaste den langvejs fra og et katana-sværd til nærkamp. Alle de nødvendige knapper er i nederste højre hjørne i Night Ninja.