I det gamle Japan var der en konstant krig mellem to kaster af krigere - samurai og ninja. Du i spillet Ninja Runner vil kæmpe på siden af Order of Ninjas. Din karakter modtog en ordre fra ordrechefen for at gennemføre rekognoscering i en skov, hvor samurai-afdelingerne kan gemme sig. Din helt gik modigt ind i skoven og løb langs vejen. Mange farer og fælder venter ham på vej. Du styrer din karakter bliver nødt til at få ham til at hoppe og ikke falde ind i disse fælder. Hvis du kommer på tværs af fjendtlige soldater, skal du ødelægge dem alle ved hjælp af et sværd. Saml blot de forskellige ting, der falder ind i hans sti.