I pixelverdenen begyndte verdens ende. Det vides ikke, hvor de levende dødes horder kom fra, som nu angriber små byer og dræber mennesker og gør dem til lignende. Men der var modige mennesker i verden, der tog op våben for at forsvare deres bosættelser. Du i spillet Pixel Shot vil være en af dem. Din karakter bliver nødt til at løbe gennem byens gader og finde alle zombier. Ved hjælp af hans kraftfulde våben vil han skyde på dem for at ødelægge alle monstre. Undervejs bliver han nødt til at samle forskellige ting, der vil hjælpe ham i kampen mod de levende døde.