I det nye Mr. Ninja Fighter-spil, vil du rejse til det gamle Japan og hjælpe den modige ninja-krig med at kæmpe mod bander af røvere. Din karakter bliver nødt til at gå til fjerntliggende provinser i landet og ødelægge alle bander af kriminelle der. Før du på skærmen vil din karakter bevæbnet med et sværd være synlig. Han vil løbe frem ad stien. På hans vej vil falde forskellige dyppe i jorden og fælder. Du bliver nødt til at bruge dine kontroltaster for at få din karakter til at hoppe over dem alle. Når du møder fjenden, skal du slå ham med dit sværd og ødelægge fjenden.