Den berømte tegneseriefigur, menneskehedens frelser, ti-årige Ben Tennyson har en fordel i forhold til andre jordboer, idet han kan bruge et specielt ur af fremmed oprindelse, som kan gøre ham til forskellige repræsentanter for andre planeter. Men i spillet Ben 10 Run vil der ikke være nogen transformationer, helten vil stole på sin egen styrke og udholdenhed. Han bliver nødt til at løbe over et åbent ørkenområde og hoppe over forskellige forhindringer. Årsagen til hans flugt er hans kusine Gwens forsvinden. Du skal gøre alt hurtigt uden at spilde tid, så du skal hjælpe helten med at hoppe over forhindringer og samle krystaller i Ben 10 Run.