Prinsesse Peach er blevet kidnappet igen, Bowser kan ikke falde til ro, og det er tid til at gå på pension, men stadig der, giv ham en skønhed. Mario skal på vejen, og han er heller ikke den første friskhed. For første gang tvivlede blikkenslageren på hans evner og besluttede at invitere Sonic til at hjælpe, da han vidste, hvordan han kan løbe hurtigt og hoppe højt. I mellemtiden, mens Sonic ankommer, kan du styre Mario og hjælpe ham med at samle mønter og hoppe på Bowsers håndlangere. Så kan du skifte til Sonic, men han bliver nødt til at samle ringe, men begge helte har det samme mål - at redde prinsessen i Super Mario og Sonic.