I menneskers verden bliver det sværere og sværere for fugle at leve, de kan ikke bevæge sig stille på grund af højhuse og strukturer, og det er også ude af deres hænder at ændre flyruter. I Super Pipe hjælper du fuglene med at overvinde forhindringer. Dette er ikke en klassisk flappy fugl, men med nogle ændringer og tilføjelser. For det første vil spillet ikke have én fjerkarakter, men mange, desuden flerfarvede og forskellige størrelser. For det andet, og vigtigst af alt, vil du ikke kontrollere fugle, men forhindringer. Du skal flytte dem op eller ned i lodret rum, så fuglene kan flyve ind i den frie åbning mellem træstammerne og andre genstande i Super Pipe.