Fugletræk er den årlige træk af fugle til varmere egne. Når efteråret kommer, drager mange fuglearter sydpå for at overleve den kolde vinter. Ænder er en af dem, og i spillet hjælper du en and med at overvinde en svær flyvning. Men først skal du vælge en karakter blandt heltene, der præsenteres i spillet: Pam, Mac, Onkel Dan, Gwen og Dax. Enhver af dem vil adlyde din kontrol. Plottet med Migration Flappy Duck er, at din fugl er faldet bag flokken. Da alle hendes slægtninge fløj væk, blev hendes vinge beskadiget, men nu er den helet, og du kan prøve at indhente flokken og flyve sammen. Men først bliver du nødt til at overvinde en masse forhindringer og slå kraftigt med dine vinger uden pause i Migration Flappy Duck.