Et hemmeligt pingvinagentur, PSA, er dukket op på Club Penguin Island. Helten i spillet Club Penguin PSA Mission 1: The Missing Puffles er medlem, og han bliver nødt til at undersøge den første sag. Og det startede med, at tante Arktika fik en puffle. På øen er puffles kæledyr, bløde flerfarvede væsner med forskellige evner. De kan flytte genstande på afstand, udføre tricks og finde skatte. Tantes grønne puffe mangler, og hun beder agenturet om at finde den. Der er en mistanke. At kæledyret blev kidnappet, og det er en forbrydelse på øen. Undersøg, søg alle mistænkelige steder og saml spor i Club Penguin PSA Mission 1: The Missing Puffles.