Endeløse regn kom til Jorden, de regnede kontinuerligt og som et resultat gik næsten halvfems procent af planeten under vand. Byer og landsbyer blev oversvømmet, folk måtte tilpasse sig nye forhold, og du vil hjælpe en af heltene i Idle Arks: Build at Sea 2. Han befandt sig afskåret fra verden på et lille stykke jord og uden håb om hjælp. Men pludselig dukkede en delfin op i nærheden, og helten, der udnyttede øjeblikket, besluttede at sadle søredningsmanden. Han tog ham med til en lille tømmerflåde, hvor der allerede var flere passagerer. De agter at udvide fartøjet for at nå fastlandet med det. Hjælp flådens indbyggere med at færdiggøre nye områder og udstyre den til en lang rejse; vælg, hvad strømmen bringer i Idle Arks: Build at Sea 2.