Den modige ninja Kim modtog en opgave fra sin leder af ordren om at trænge ind i den bevogte bybygning og stjæle hemmelige dokumenter derfra. Du i spillet Hero Ninja vil hjælpe din helt med at udføre denne opgave. Din karakter bevæger sig langs tagbygningerne i bybygninger og gradvist får fart. Under din ledelse bliver din karakter nødt til at hoppe og flyve gennem hullerne mellem bygningerne. Så snart du støder på en fjende, bliver du nødt til at klikke på skærmen med musen for at tvinge din helt til at slå med sværdet og dermed ødelægge hans fjender.