Den modige ninja Kyoto modtog en opgave fra lederen af u200bu200bsin ordre om at trænge ind i en bevoktet ejendom af en aristokrat og stjæle hemmelige dokumenter derfra. Du i spillet Endless Ninja vil hjælpe ham med at udføre denne mission. Din karakter bevæger sig gradvist på farten og vinder hastighed. På vej vil der komme forskellige slags fælder. Din helt, der nærmer sig dem, skal springe under din vejledning. Således vil han flyve gennem luften gennem disse farlige dele af vejen. Nogle gange vil du støde på forskellige slags objekter og mønter spredt overalt. Du bliver nødt til at prøve at indsamle dem alle.