I moderne Japan eksisterer stadig i hemmelighed bekendtgørelse af den mystiske ninja kriger. Nogle af disse soldater endda tage ordrer for drab på kriminelle, der holder høje stillinger i regeringen. I dag i Gun Ninja spil skal vi spille for sådan en lejesoldat. Han fik ordre til mord, og nu han har brug for at komme ind i beskyttede ejendom. Behændigt passerer gennem sine korridorer, hoppe over huller i gulvet og undgå de faldgruber, vil vi komme videre. Vi har selvfølgelig soldaterne vil angribe beskyttelse, men vi bruger skydevåben vil dræbe dem alle. Det vigtigste ikke at lade dem komme tæt på dig, fordi så kan de gøre dig skade dine sværd og din karakter vil blive dræbt. Men du kan på vejen til at indsamle førstehjælpskasse, der ville gøre op deres levestandard.
