Ninjaens skildpadderlag har en meget alvorlig fjende. Hans navn er Savanti Romero. Denne skurk byggede en tidsmaskine og samler nu monstre fra alle verdener: fortid og fremtid, for at forene dem til en stor skurkhæren. Heltene må blande sig i fjendens planer. For at gøre dette skal de besøge alle steder, hvor Romero planlægger at gå, og neutralisere alle, som han forsøger at vende om til sin side. Mike, Raphael, Leo og Donald er klar til farlige rejser. Du skal vælge det første par ansøgere, de vil blive overført til det gamle Egypten. Der møder de med onde mumier. Dracula og zombier venter på dem i andre ikke mindre farlige steder i spillet Teenage Mutant Ninja Turtles Monsters Vs Mutants