Langt i rummet, i kredsløb af et af planeterne, var et rumskib, hvor der var et laboratorium, hvor der blev udført forsøg på forskellige dyr. De blev injiceret med fremmed DNA og så på, da de ændrede sig. Som med basen forsvandt forbindelsen, og soldaterne blev sendt der fra Star Assault. Vi bliver en af dem i spillet Attack on the Mothership. Vores karakter er bevæbnet med en standard ammunition. Hans opgave er at trænge ind i skibet og finde ud af, hvad der skete der. Som det viste sig, blev hele besætningen omdannet til monstre, og nu er du nødt til at gå i kamp med dem. Ved hjælp af dine våben skal du hurtigt og effektivt ødelægge alle de monstre, du vil møde på skibets dæk.
