Bjørn Banjo bor sammen med sin søster i dybden af skoven. Som en dag vågnede vores karakter og fandt, at hans yngre søster manglede. Nu i spillet Banjo-Kazooie hjælper vi ham med at finde hende. Til hjælp vendte vores karakter til den magiske fugl Kazue. Efter et magisk ritual fangede hun sporet og fløj langs det. Nu kører helten bliver nødt til at løbe efter hende uden at falde bagved. Pas på, hvordan du får fælder, og du kører, helten bliver nødt til at tvinge dem til at hoppe over dem. Nogle gange kan du støde på forskellige aggressive monstre, og du bliver nødt til at ødelægge dem.
