Ninja-skildpadderne vendte tilbage fra deres næste opgave og fandt ud af, at deres lærer Splinter manglede. Et skildpadde havde allerede modvirket flere onde planer, og den usynlige fjende besluttede at tage hævn vildt ved at kidnappe deres sensei. De vil blive hjulpet i april, hun ejer mesterligt en grøn baseball magisk flagermus.
