Når hellish porte allerede var i stand til at låse op, men onde ånder forlod ikke håbet om at frigøre sig igen og de lykkedes efter mange år. Denne gang åbnede de en portal på Mars i håb om, at mennesker ikke umiddelbart kunne finde det. Men Mars er allerede blevet koloniseret, mange biologiske laboratorier har slået sig fast på det, og en masse forskere har arbejdet, de har alle været udsat for grusomme monsterangreb. Dit fejende hold skal ødelægge monstre i Doom 3, og du behøver ikke tage erfaring. Gå til den røde planet og pas på, monstre er blevet klogere og stærkere.
