I pixelverdenen begyndte en stor anti-terroristoperation. Det vil tage de bedste specialstyrker. Du i spillet Pixel Warfare One vil kunne deltage i denne konflikt ved at vælge en af parterne. Så snart du gør dette, bliver din karakter overført til en særlig placering, hvor kampene vil forekomme. Du er nødt til at løbe igennem det på udkig efter deres modstandere. Når detekteres, skal du åbne ild fra din maskingevær og ødelægge alle rivaler. Efter døden kan du afhente den faldne ammunition og våben.
