På et af de videnskabelige baser, hvor der blev udviklet kemiske våben, opstod der en lækage, og alt sikkerhedspersonale og soldater døde under indflydelse af en ukendt virus. Et par timer senere rebellede de i form af zombier og bevæger sig nu mod landsbyen. Du er i spillet Commandos vs Zombies vil tage kommando over en gruppe soldater, der skal ødelægge dem. Du vil se foran en slagmark foran dig. Du skal hurtigt arrangere dine soldater, så de dækker alle sektorer. Så snart de ser zombierne, vil de åbne ild og ødelægge dem.
