Prinsesse Anna besluttede at gå til byen incognito og se, hvordan almindelige mennesker bor. Walking omkring byen besluttede hun at gå ned til metrostationen. Men problemet er, at en af de kriminelle anerkendte hende og nu, sammen med sine medskyldige, ønsker at blive fanget for at kræve løsepenge. Du i spillet Subway Princess Run bliver nødt til at hjælpe prinsessen til at flygte fra dem gennem undergrunds tunnellerne. Din heltinde vil løbe igennem dem efterhånden optage fart og indsamle forskellige guldmønter og andre objekter placeret overalt. Du skal hjælpe hende med at undgå sammenstød med forhindringer og hoppe over forskellige forhindringer.
