På en af engene i skoven bor en munter kanin. I flere år har han bygget et hus for sig selv og endelig skabt et komfortabelt bolig for sig selv. En ond heks, der lever i skoven, besluttede at skade vores kanin og sendte en forbandelse af bolde på ham. De vil dukke op over glade og gradvist synke til vores heltens hus. Så snart de når jorden, eksploderer de og forårsager uoprettelig skade. Du i spillet Rabbit Bubble Shooter bliver nødt til at hjælpe vores karakter til at ødelægge dem. For at gøre dette skal du bruge en kanon, der skyder farvede kerner. For at gøre dette skal du finde en klynge af bolde af samme farve og skyde på dem med samme farve som kernerne.